Laporan 2009 ini terdiri dari tiga bagian. Pertama, menyangkut peraturan dan hukum yang terkait agama, di antaranya Perda dan Raperda terkait Islam, UU Kesehatan, serta RUU Jaminan Produk Halal. Kedua, membahas kasus-kasus pertentangan dalam masyarakat terkait agama seperti 18 kasus Rumah Ibadah, serta wacana penyesatan dan penodaan agama terutama kasus Ahmadiyah. Ketiga, menelaah peran agama dalam kampanye Pemilu 2009 dan fenomena film yang merepresentasikan agama.
