Belum tersosialisasinya peraturan menteri, ketiadaan payung hukum pada level pelaksana di tingkat lebih rendah, kerumitan advokasi dengan berbagai pihak di tingkat lokal, serta problem stigma dan diskriminasi yang masih berulang, menjadi pekerjaan rumah dalam pemenuhan hak atas pendidikan bagi anak-anak penghayat kepercayaan.

Pasca-Putusan MK 2017, regulasi pernikahan penghayat masih menyisakan masalah di tataran teknis administratif dan di tataran norma hukum, yang problemnya bisa ditarik hingga ke UU Perkawinan 1974.