Agama Buddha pernah dominan di era Majapahit, lalu surut seiring dominasi Islam, sempat mengalami kebangkitan berkat komunitas teosofi, tetapi tidak diakui sebagai agama di era awal pascakemerdekaan. Agama Buddha baru menjadi salah satu agama yang 'diakui' negara setelah bernegosiasi dengan sistem politik yang dilandasi Pancasila.

Fransiscus van Lith mengupayakan akulturasi Katolik dengan budaya Jawa, memisahkan misi Katolik dari kepentingan kolonial, dan mendirikan sekolah yang melahirkan tokoh-tokoh Katolik pro-nasionalis, seperti Soegijapranata, yang terkenal dengan jargonnya "100 persen Katolik, 100 persen Indonesia".